Căn nguyên vi sinh vật (VSV) gây nhiễm khuẩn bệnh viện phần lớn là do vi khuẩn gây lên, sau đó là do vi rút, nấm và ký sinh trùng. Các vi khuẩn thường gặp chủ yếu hiện nay là tụ cầu vàng (S.aureus) và các trực khuẩn Gram (-). Nhiễm khuẩn bệnh viện do vi rút thường gặp ở trẻ em hơn là người trưởng thành và thường mang nguy cơ bùng nổ thành dịch. Nhiễm khuẩn bệnh viện do nấm thường do điều trị kháng sinh kéo dài hoặc bệnh nhân bị suy giảm miễn dịch.
Vi sinh vật từ môi trường bên ngoài xâm nhập vào cơ thể gây bệnh thường bao gồm vi khuẩn, vi rút, ký sinh trùng và nấm. Vi sinh vật ký sinh trên người là những VSV gây bệnh cơ hội và chủ yếu là vi khuẩn Gram (-). Các VSV gây nhiễm trùng cũng biến đổi khác nhau theo nhóm cộng đồng dân cư, các chuyên khoa điều trị khác nhau, điều kiện khác nhau và có sự khác nhau giữa các quốc gia.
1. Vai trò gây bệnh của vi khuẩn
Vi khuẩn gây NKBV có thể từ hai nguồn gốc khác nhau, vi khuẩn nội sinh, thường cư trú ở lông, tuyến mồ hôi, tuyến chất nhờn. Bình thường trên da có khoảng 13 loài vi khuẩn ái khí được phân bố khắp cơ thể và có vai trò ngăn cản sự xâm nhập của VSV gây bệnh. Một số vi khuẩn nội sinh có thể trở thành căn nguyên nhiễm trùng khi khả năng bảo vệ tự nhiên của vật chủ bị tổn thưởng. Vi khuẩn ngoại sinh, là vi khuẩn có nguồn gốc ngoại lai, có thể từ dụng cụ y tế, nhân viên y tế, không khí, nước hoặc lây nhiễm chéo giữa các bệnh nhân.
Vi khuẩn Gram dương, cầu khuẩn: Tụ cầu vàng (Staphylococcuc aureus) đóng vai trò quan trọng đối với NKBV từ cả hai nguồn nội sinh và ngoại sinh. Tụ cầu vàng có thể gây nên nhiễm trùng đa dạng ở phổi, xương, tim, nhiễm khuẩn huyết và đóng vai trò quan trọng trong NKBV có liên quan đến truyền dịch, ống thở, nhiễm khuẩn vết bỏng và nhiễm khuẩn vết mổ. Vi khuẩn Staphylococcus saprophyticus thường là căn nguyên gây nhiễm trùng tiết niệu tiên phát, là loài gây nhiễm khuẩn có tỷ lệ cao thứ hai (sau tụ cầu vàng) ở bệnh nhân nhiễm khuẩn vết bỏng. Liên cầu beta tán huyết (beta- hemolytic) đóng vai trò quan trọng trong các biến chứng viêm màng cơ tim và khớp.
Các tác giả trong nước cho thấy, nhiễm khuẩn do chấn thương, nhiễm khuẩn ngoại khoa hay nhiễm khuẩn vết bỏng tỷ lệ vi khuẩn Gram (+), đặc biệt là S.aureus thường gặp nhiều hơn các nhiễm khuẩn phổi và nhiễm khuẩn đường tiết niệu. Nguyễn Văn Hiếu (2008), nhiễm khuẩn vết bỏng có tỷ lệ vi khuẩn Gram (+) là 31,3%, cao hơn nhiều so với nhiễm khuẩn phổi (6,2%), nhiễm khuẩn vết mổ (12,1%) và tỷ lệ phối hợp cao nhất là P.aeruginosa với S.aureus.
Vi khuẩn Gram âm, trong đó các trực khuẩn Gram (-) thường có liên quan nhiều đến NKBV và phổ biến trên bệnh nhân nhiễm trùng phổi tại khoa điều trị tích cực. Họ vi khuẩn đường ruột (Enterobacteriaceae) thường cư trú trên đường tiêu hoá của người và động vật, đang là mối quan tâm lớn trong NKBV do có khả năng kháng cao với các nhóm kháng sinh amiglycoside, β-lactamase và có khả năng truyền tính kháng qua plasmid. Chủng Acinetobacter spp, trong đó đáng quan tâm nhất là chủng A.baumannii, thường gặp trong không khí bệnh viện, nước máy, ống thông niệu đạo, máy trợ hô hấp. Ngoài ra còn thấy trong đờm, nước tiểu, phân, dịch nhầy âm đạo. Ngày nay NKBV do Acinetobacter spp đang có chiều hướng gia tăng rõ rệt. Vi khuẩn thuộc giống Klebsiella spp thường xuyên là nguyên nhân NKBV và vi khuẩn này có khả năng lan nhanh tạo thành các vụ dịch tại bệnh viện. Loài Klebsiella pneumoniae, thường có vai trò quan trọng trong nhiễm trùng tiết niệu, phổi, nhiễm trùng huyết và mô mềm. Nhiều nghiên cứu trong nước và quốc tế đã khẳng định, vi khuẩn Escherichia coli gây nhiễm trùng chủ yếu trên đường tiết niệu, sinh dục của phụ nữ và nhiễm trùng vết mổ.
Trực khuẩn mủ xanh (Pseudomonas aeruginosa), là vi khuẩn Gram (-), ưa khí thuộc họ Pseudomonadaceae. Bệnh nhân nhiễm trùng được phát hiện thấy trực khuẩn mủ xanh ở phổi, mặt trong bàng quang, bể thận, buồng tử cung, thành ống dẫn lưu và bề mặt kim loại máy tạo nhịp tim. Các vi khuẩn gây nhiễm trùng huyết trên bệnh nhân bỏng chủ yếu là trực khuẩn mủ xanh và tụ cầu vàng, trong đó trực khuẩn mủ xanh đã kháng hầu hết các kháng sinh thông thường.
Nhiều nghiên cứu trong nước và nước ngoài đều đi đến thống nhất trực khuẩn Gram âm là căn nguyên hàng đầu gây nhiễm trùng cơ hội và các loài thường gặp là P.aeruginosa, Acinetobacter spp, E.coli, Klebsiella spp và Enterobacter spp. Loài Proteus spp cũng thường gây nhiễm khuẩn bệnh viện và đặc biệt là nhiễm trùng vết mổ và nhiễm trùng đường tiết niệu. Tỷ lệ nhiễm khuẩn do vi khuẩn Gram âm, theo nghiên cứu của Nguyễn Văn Hiếu (2008) là 78,5%, Phạm Văn Hiển (1996) là 89%, Trần Tuấn Đắc (1996) là 85,4%.
Khi nghiên cứu về nhiễm khuẩn bệnh viện và các yếu tố liên quan tại 19 bệnh viện, tác giả Phạm Đức Mục và cộng sự (2005) cho thấy các tác nhân nhiễm khuẩn chính là P.aeruginosa (24%), sau đó là K.pneumoniae (20%) và
A.baumannii (16%). Tác giả Trương Anh Thư (2008), nghiên cứu tại Bệnh viện Bạch Mai cho rằng nhiễm khuẩn do P.aeruginosa là cao nhất (28,6%), sau đó là A.baumannii (23,8%), K.pneumoniae (19%) và nấm candida spp (14,3%). Nguyễn Văn Hòa (2008), tại Bệnh viện Hữu nghị Việt Xô, tỷ lệ phân lập được P.aeruginosa là cao nhất (22,3%) và đóng vai trò chính trong nhiễm khuẩn đường hô hấp và đường tiết niệu. Nguyễn Quốc Định (2000), loài vi khuẩn phân lập được từ bệnh phẩm mủ của vết thương bỏng chủ yếu là S.aureus (37,8%), sau đó là P.aeruginosa (28.5%) và Enterobacter (12,5%). Trong đó phối hợp giữa các loài vi khuẩn cao nhất vẫn là P.aeruginosa và S.aureus (18,6%).
Những nghiên cứu khác phía ở nam Việt Nam, theo tác giả Đồng Quang Nguyên (1995) cho thấy tỷ lệ các loài vi khuẩn gây nhiễm khuẩn huyết trên bệnh nhân bỏng lần lượt là Enterobacter 50%, P.aeruginosa 20%, S.aeureus 12,5%, Proteus 10% và E.coli 2,8%. Nguyễn Thế Hiệp (1995), khi nghiên cứu 3 năm liền tại bệnh viện Chợ Rẫy cho thấy tỷ lệ gặp P.aeruginosa là 16,2%.
2. Vai trò gây bệnh của vi rút
Một số vi rút có thể lây nhiễm khuẩn bệnh viện như vi rút viêm gan B và C (lây qua đường máu, lọc máu, đường tiêm truyền, nội soi), các vi rút hợp bào đường hô hấp, SARS và vi rút đường ruột (Enteroviruses) truyền qua tiếp xúc từ tay-miệng và theo đường phân-miệng. Các vi rút khác cũng luôn lây truyền trong bệnh viện như Cytomegalovirus, HIV, Ebola, Influenza, Herpes và VaricellaZoster.
Nhiều nghiên cứu cho thấy vi rút viêm gan B, HIV, cúm A đóng vai trò lây nhiễm quan trọng trong môi trường bệnh viện. Viêm gan B có thể lây nhiễm giữa các bệnh nhân làm sinh thiết nội tĩnh mạch trong cùng một ngày và cùng một phòng. Bệnh nhân ghép tim là đối tượng có nguy cơ lây nhiễm cao. Những bệnh nhân có HbsAg-, kháng Hbc-, kháng Hbc+ và HBV DNA+ được coi là người lành mang vi rút HBV và dễ có nguy cơ bùng phát vi rút viêm gan B sau khi ghép tim. Ngoài ra nhiễm vi rút một cách ngẫu nhiên do dung dịch heparin có lẫn máu từ người bệnh mang HCV tiềm ẩn chưa xác định cũng có thể là nguồn lây nhiễm viêm gan C trong bệnh viện.
Bên cạnh vi rút viêm gan, các nhà khoa học Pháp đã cho thấy 25% bệnh nhân hồi sức cấp cứu bị nhiễm một loại vi rút gây bệnh đường hô hấp trên có liên quan đến quạt thông gió. Vi rút Herpes type-1 cũng được phát hiện thấy trên bệnh phẩm của bệnh nhân thở máy với tỷ lệ khá cao (31%).
3. Vai trò gây bệnh của ký sinh trùng và nấm
Một số ký sinh trùng (Giardia lamblia) có thể lây truyền dễ dàng giữa người trưởng thành và trẻ em. Nhiều loại nấm và ký sinh trùng là các sinh vật cơ hội và là nguyên nhân nhiễm trùng trong khi điều trị quá nhiều kháng sinh và trong trường hợp suy giảm miễn dịch (Candida albicans, Aspergillus spp, Cryptococcus neoformans,…). Các loài Aspergillus spp thường gây nhiễm bẩn môi trường không khí và các loài này được bắt nguồn từ bụi và đất, đặc biệt là trong quá trình xây dựng bệnh viện. Căn nguyên nhiễm trùng là nấm thường kháng thuốc cao và gặp rất nhiều khó khăn trong quá trình điều trị.
Tác giả Trương Anh Thư và CS (2008) cho thấy các tác nhân gây NKBV tại Bạch Mai, ngoài các vi khuẩn Gram âm thường gặp thì tỷ lệ nhiễm khuẩn do nấm Candida là khá cao (14,3%).